Interessant sind auch einige Mitteilungen über wirkliche oder vermeintliche Vergiftungen. Ein 16232 vom Rat der Stadt Bern zur Behandlung an Fabry gewiesener Kohlenbrenner, der an Widerwillen und Ekel vor Speisen sowie an Erbrechen litt, dazu über Schwindel klagte und bald auch Fieber mit großem Durst und Trockenheit der Zunge aufwies, hatte sich gewiß in seinem Beruf eine Kohlenmonoxydvergiftung zugezogen. Die gleiche Diagnose darf gestellt werden für die Beschreibung eines Todesfalles an Schlafsucht, die durch einen im Schlafzimmer neu gesetzten Ofen entstanden war. - Eine kräftige Frau, die morgens nüchtern 1-2 Hände voll Erdbeeren aß, erkrankte drei Stunden später an Leibweh und Ohnmachtsanfällen; sie erhielt von den Angehörigen Theriak, jedoch ohne Erfolg. Am nächsten Tag nahmen die Schmerzen und Ohnmachten zu. Der nun beigezogene Fabry gab der Frau eine vom Basler Prof. Werdenberg stammende Magen-Essenz. Sie bewirkte Erbrechen und Darmentleerung, worauf Heilung eintrat. Als Ursache nahm Fabry an, die Erdbeeren seien durch Schlangen oder Kröten vergiftet gewesen, denn Kröten sollen durch Harn, Speichel und Atem ein tödliches Gift abscheiden. Da die Erdbeeren ungewaschen und auch nicht mit Zucker und Wein angemacht genossen wurden, hätte das Gift wirksam werden können. Ob sich aus solchen Vorstellungen wohl das beliebte Dessert "Gezuckerte Erdbeeren mit Rotwein" entwickelt hat? - In einem anderen Fall beschrieb Fabry, dass ein ungefähr zweijähriges Kind nach dem Genuss von Trauben erkrankte. Es zeigte Schwellungen besonders im Gesicht, hatte Atemnot und wurde oft ohnmächtig. Wieder dachte Fabry an Gift, das von Kröten und Schlangen im Weinberg oder von Spinnen im Zimmer herrührte, in dem die Trauben zum Trocknen aufgehängt waren. Die Heilung erfolgte durch ein mildes Brech- und Abführmittel. Naheliegend wäre es, in diesen Fällen an eine Anaphylaxie zu denken.

Fabrys Beschreibungen von Einzelfällen innerer Erkrankungen müssen hier übergangen werden. Vor der Behandlung seiner therapeutischen Ansichten im allgemeinen empfiehlt es sich aber, sein Urteil über die Bedeutung der Botanik und der Chemie für den Wundarzt kennenzulernen. In der Vorrede zu den gesammelten Werken legte er seine Ansichten darüber dar. Kenntnis der Pflanzen soll der angehende Wundarzt möglichst früh zu erwerben suchen. Als eine gute Hilfe dabei empfahl Fabry, sich ein Herbarium anzulegen, wie er es selbst auch getan hätte. Er gab einige Anleitung dazu und berichtete, seine Sammlung gepreßter Pflanzen enthalte über 700 Kräuter. Es genüge aber nicht, die Pflanzen nur zu kennen, man müsse sich aus der Literatur auch über ihre Eigenschaften und ihre Wirkungsweise unterrichten. Wer später seinen Bedarf an Kräutern, Wurzeln und Samen selbst sammeln will, sollte die dafür am besten geeignete Jahreszeit kennen. Die im Schatten getrockneten Pflanzen empfahl Fabry nach Sorten getrennt in Säckchen oder Holzbüchsen aufzubewahren. Kauft der Wundarzt seinen Vorrat an Simplicia bei Wurzel- und Kräuterfrauen, so muß er gut achtgeben, reine Ware ohne Beimischungen zu erhalten.
Um die Einführung chemischer Substanzen als Heilmittel hatte sich besonders Paracelsus verdient gemacht. Er suchte chemisch klar definierte Stoffe mit spezifischer Wirkung gegen bestimmte Krankheiten. Auf diesem Wege folgten ihm Viele, die aber meist über chemische Vorgänge weit weniger wußten als er.

 
Wie immer, wenn Neues aufkommt, setzten die Patienten große Hoffnungen auf solche Medikamente. Hatten bei den pflanzlichen Heilmitteln schon mancherlei Verwechslungen oder die Beimischung von Fremdstoffen zu unvorhergesehenen Schädigungen geführt, so wurde nun deren Möglichkeit erheblich größer. Die Technik der Präparation bestimmter chemischer Substanzen wurde sehr verschieden gehandhabt. Damit entstanden aber Endprodukte sehr unterschiedlichen Reinheitsgrades. Hier setzten Fabrys Bedenken ein. Er hatte wahrscheinlich durch Beobachtung bei du Chesne bemerkt, dass derselbe Stoff verschiedener Herkunft auf den menschlichen Körper differente Wirkungen ausübte. Seine Forderung war also, sich nur solcher mineralischer Präparate zu bedienen, die von zuverlässig arbeitenden "Chymici" oder von einem unter Aufsicht und nach Weisungen des Arztes arbeitenden Apotheker hergestellt wurden. Selbst damit war es ihm noch nicht genug. Fabry verlangte, dass auch die solche Präparate verschreibenden Ärzte und Chirurgen über deren Anwendungsweise genau unterrichtet sein sollten. Er hatte in der Praxis genügend Beispiele gesehen, dass Empiriker und Charlatane entweder selbsthergestellte oder sonst irgendwo gekauft Chemikalien als Wundermittel in Dosierungen gebrauchten, die unzweifelhaft schädlich sein mußten. Aus einem Brief Fabrys an Döring geht klar hervor, dass er mineralische Heilmittel nicht grundsätzlich ablehnte. Quecksilber und gewisse chemische Verbindungen bedeuten ihm viel. Er schätzte ihren Geschmack und die Wirksamkeit selbst geringer Dosen. Quecksilber diente ihm in Form von Salben zur Behandlung der Syphilis und von Hautkrankheiten. Gegen den Gebrauch von Mercurium dulcificatum, also von Kalomel, war er eher skeptisch. Bei Anwendung von Antimon hatte er in mehreren Fällen schädliche Wirkungen gesehen. Immer wieder kam er für die mineralischen Mittel darauf zurück, es sei wichtig, dass der Arzt sie richtig zu verwenden wisse.

Auffällig ist Fabrys Erfahrung, dass manche Arznei an Händen und Füßen unwirksam ist, die gegen Schmerzen an Schulter und Ellbogen beziehungsweise Hüfte und Knie hilft. Zur Erklärung führte er an, die innerliche angeborene Wärme - eine Grundvorstellung der griechischen Medizin - sei zentral höher gelegen als in der Körperperipherie. Im übrigen brauchte Fabry bei starken Schmerzen Laudanum opiatum, mischte es aber in der Regel mit Alkermes-Latwerge, Zimtwasser und einem Sirup; dies alles in einer Abkochung von Odermennig und Ehrenpreis verrührt ergäbe einen Trank, den er als schweißtreibend und herzstärkend empfahl. Ganz allgemein ist festzustellen, dass Fabry seine Medikamente meist aus ziemlich vielen Simplicia zusammensetzte. Damit folgte er wohl dem Zug der Zeit ebenso, wie wenn er noch am Gebrauch einiger Mittel festhielt, die auf Aberglauben beruhen. Moos, das im Friedhof auf Schädeln gewachsen ist, sammelte er auf seinen Reisen in den Niederlanden und gab seinen Freunden von diesem seltenen "Heilmittel" ab. Die Wirkung von Jaspis bei Blutungen hielt er für erwiesen, nur muß der Stein fleckenlos und von blutroter Farbe sein. Dieser Hinweis auf die Farbübereinstimmung von Heilmittel und zu heilendem Substrat erinnert stark an die Signaturenlehre. Über den Bezoarstein, orientalischen wie okzidentalischen, gibt es bei Fabry lange Erörterungen, die den Echtheitsnachweis betreffen. Wie früher schon angeführt benützte ihn Fabry überall da, wo es galt, wirklich oder vermeintlich vorhandene Giftstoffe zu bekämpfen.