Andere pathologische Befunde beziehen sich auf Mißbildungen, die ihm teils in der eigenen Praxis begegneten, teils von Freunden und Bekannten in natura oder doch wenigstens im Bilde zugesandt wurden. Meistens folgte er bei seinem Urteil über die Entstehung der Mißbildungen dem Geiste der Zeit. Er ließ sich leicht durch Erzählung irgendwelcher Vorfälle überzeugen, dass ein “Versehen” der Mutter vorläge. Hin und wieder kamen ihm aber doch leise Zweifel, ob diese Annahme stets berechtigt ist. Das gilt besonders vom Schreck bei Verletzungen der Mutter während der Schwangerschaft als Ursache von Mälern oder Mißbildungen des Kindes. Im Alter wagte Fabry jedoch, seinen früheren Schüler H. Schobinger in einem Brief vom 10. September 1631 zu fragen, ob denn tierische Mißbildungen auch auf “Imagination” zurückzuführen seien. Ihm selbst schien, es müsse dafür andere Ursachen geben, doch wich er einer Entscheidung aus und blieb bei Mutmaßungen. Immerhin ist dieser Zweifel ein Zeichen für Fabrys wissenschaftliche Denkweise.

Ein anderer sehr schöner Beleg für Fabrys exakt wissenschaftliche Einstellung ergab sich im Zusammenhang mit der Frage, ob der Rest des Urachus nach der Geburt ein Lumen habe oder nicht. Auf die Beschreibung eines bestimmten Falles hin entgegnete Fabry: “Aber von einem Beispiel allein kann man keinen Schluß ziehen, denn die Natur spielt manchmal und kehrt die Ordnung um”. Rein wissenschaftlich war auch seine Beschäftigung mit der vergleichenden Anatomie, denn irgendwelche für die ärztliche Praxis nützlichen Gesichtspunkte lassen sich dafür ja nicht anführen. Offenherzig gestand er P. Paauw in einem Brief, er fürchte, dass böswillige Leute die Zergliederung von Tieren als eine des Arztes unwürdige und nutzlose Sache verlachen könnten. Unbeirrt setzte er aber doch die vergleichend-anatomischen Studien fort. Sein Bericht über die Zergliederung eines Murmeltieres enthält zum Beispiel ganz modern anmutende Gedanken über Haarkleid und Fettmenge, über Darmlänge und den funktionellen Aufbau des Skeletts. Wissenschaftlich ist auch Fabrys anatomische Sammlung zu nennen. Er beschrieb sie in Briefen an den Anatomen Pieter Paauw in Leiden und druckte einen Katalog am Schluß der ersten Auflage seines Buches vom Nutzen der Anatomie ab. Besonders stolz war er auf ein mühsam anzufertigendes Präparat, die Compago viscerum et venarum. Zur Darstellung der Blutgefäßverteilung waren die erhaltenen Hohlorgane (Oesophagus, Magen und Duodenum, Gallenblase, Darmstücke und die Harnblase) mit Werg oder Baumwolle ausgestopft und getrocknet. Das Parenchym der Leber war durch leichte Mazeration entfernt, um die Gefäßaufspaltung im Innern des Organes zu zeigen. Größere Blutgefäße wie die V. cava inf. waren in natura erhalten und gleichfalls ausgestopft. Ihre kleineren Zweige hatte Fabry wohl in Anlehnung an eine Tafel Vesals aus lederumhüllten Kupferdrähten nachgebildet. Das Herz selbst war entfernt, seine Gefäße aber waren in dem ausgebreiteten Herzbeutel dargestellt. Dieser hing mit der Luftröhre und den Lungengefäßen zusammen, auch das Zwerchfell war erhalten. Kurzum, ein offenbar recht anschauliches Präparat, auf das denn auch in der wissenschaftlichen Literatur mehrfach hingewiesen wurde. Als sich Dr. H. Arnisaeus aus Genf nach der Methode der Gefäßdarstellung in parenchymatösen Organen erkundigte, gab ihm Fabry bereitwillig Auskunft. Er legte die Organe eine Stunde lang in warmes Wasser ein, klopfte sie dann mit einem Stecken und präparierte schließlich die noch an den Gefäßen hängenden Reste mit Messern und anderen geeigneten Instrumenten ab. Danach trocknete er die isolierten Blutgefäße langsam an einem schattigen Ort.

 
Außer vielen Präparaten zur Knochenpathologie enthielt Fabrys Sammlung eine Reihe von Skeletten verschiedener Tiere und vor allem auch des Menschen. Früher waren solche Skelette mit Hilfe von Darmsaiten zusammengesetzt worden. Fabry erfand eine neue Methode, bei der die einzelnen Knochen durch Messingdrähte miteinander verbunden wurden. Was er dabei an Dauerhaftigkeit gewann, mußte natürlich an Beweglichkeit der Teile verloren gehen. Im ganzen hat man von Fabry den Eindruck, dass er handwerklich sehr geschickt war. Er wagte sich sogar an die Herstellung von Augenmodellen, die ihm von Mal zu Mal besser gelangen. Sie zeigten äußerlich die Ansätze der Augenmuskeln und innerlich die Schichten des Bulbus oculi. Auch diese Modelle haben die Bewunderung der Zeitgenossen erregt. Vermutlich ist Fabry durch Bedürfnisse des Unterrichtes dazu gekommen, solche Präparate und Modelle anzufertigen.

Ziel anatomischer Studien war für Fabry vor allem, seine Kenntnisse vom Körperbau des Menschen zu erhalten und zu vermehren. Irgendwelche bedeutsame Beobachtungen sind von ihm nicht zu melden. Er freute sich aber, wenn er neu Beschriebenes wiederfand und es eventuell anderen zeigen konnte, denen diese Beobachtung noch nicht gelungen war. So ging es mit der Valvula ileocaecalis, die er nach Bauhins Beschreibung aufsuchte. Er konnte sie dann den Genfer Ärzten und später Pieter Paauw bei seinem Besuch in Leiden demonstrieren, der sie bis dahin noch nicht hatte finden können. Andererseits liebte es Fabry, wenn durchreisende Kollegen ihm noch unbekannt Gebliebenes vorführten. Eine solche Freude hatte er noch im Alter, als Christen Stougaard ihm die von Aselli entdeckten Chylusgefäße an einer jungen Ziege zeigte. Trotzdem die darüber erschienene Publikation in Mailand 1627 und in Basel 1628 herausgekommen war, hatte Fabry bis 1632 noch keine Kenntnis von dieser neuen, sehr wichtigen Beobachtung erhalten. Man sieht daraus, wie schwierig es damals für die Gelehrten war, die Fortschritte der Wissenschaft möglichst bald kennen zu lernen. Noch deutlicher wird das für einen anderen Fall, nämlich die Beschreibung des Blutkreislaufes. William Harveys “Exercitatio anatomica de motu cordis et sanguinis in animalibus” erschien 1628 in Frankfurt a.M. Fabry aber erfuhr bis zu seinem Tode nichts davon, sonst würde sich eine entsprechende Korrektur in der zweiten Auflage seines Buches vom Nutzen der Anatomie finden. Dabei waren die Verbindungen mit dieser bedeutenden Messestadt eher günstig, und Fabry hatte dort sogar gute Freunde wie Peter Uffenbach, mit dem er bis an sein Lebensende Briefe wechselte.

Hier ergibt sich ein Problem, das sich durch das ganze Werk Fabrys bemerkbar macht: In seinen anatomischen Vorstellungen war er als überzeugter Anhänger Vesals modern; seine physiologischen Kenntnisse aber waren galenisch, vielleicht ein wenig modifiziert durch das, was die Araber in die abendländische Medizin hineingetragen haben. Merkwürdig ist, dass diese Diskrepanz damals offenbar überhaupt nicht empfunden wurde. Man sollte doch erwarten, dass die erneuerte Anatomie starke Rückwirkung auf die physiologischen Ideen hätte haben müssen. Das war aber bis zum Auftreten Harveys nicht der Fall, und selbst seine Lehre mußte sich erst gegen erheblichen Widerstand durchsetzen. So kann man sagen, das Jahrhundert zwischen 1550 und 1650 war in der Medizin eine Übergangszeit. Da Wilhelm Fabrys Leben ganz in diese Periode fällt, darf sein Werk als typisch für diese Epoche gelten.