Es ist wohl kein Zufall, dass an den Universitäten die Lehrstühle für Anatomie und Chirurgie meist miteinander verbunden waren. Selbst Vesal lehrte die Anatomie in Padua als Professor der Chirurgie, eine Kombination die noch weit in das 18. Jahrhundert hinein erhalten blieb. Fabry hatte das Glück, von Lehrmeistern ausgebildet zu werden, die dem Neuen gegenüber aufgeschlossen waren. Ihr Beispiel mußte ihn auf den rechten Weg führen. Früh wird er bemerkt haben, dass es zwei Richtungen anatomischer Untersuchungen gab. Die eine wollte die Veränderungen feststellen, die an den Organen bei gewissen Krankheiten vorkommen, um daraus Aufschluss über deren Ursachen zu gewinnen. Sie war also das, was heute Pathologische Anatomie heißt. Die andere Richtung diente dazu, den Chirurgen vor einer Operation mit den normal-anatomischen Befunden in der betreffenden Körperregion bekannt zu machen. Er sollte wissen, was er an Nerven, Blutgefäßen und Muskeln in seinem Operationsfeld zu erwarten hat. Ihn interessierte also das, was viel später erst Topographische Anatomie genannt wurde. Der Pathologe seziert, er führt eine Obduktion in relativ kurzer Zeit aus. Der Anatom dagegen präpariert, er stellt die einzelnen Gebilde dar, die sich nach Entfernung der Haut seinen Augen bieten; meist wird er etwas längere Zeit brauchen, bis er seinen Schülern ein instruktives Präparat vorweisen kann.
Fabry hat sowohl seziert als auch präpariert. Die erste von ihm ausgeführte Leichenöffnung diente einem besonderen Zweck. Sie betraf einen Herrn von Steinberg, den Cosmas Slot und Fabry 1582 etwa zwei Monate lang im Schloß Bodenberg behandelt hatten. Als Slot zurückberufen wurde, schaffte man den Patienten “auf einem hangenden Wagen” nach Düsseldorf, wo er schließlich doch noch an seiner anfänglich vernachlässigten Knieverletzung starb. Gegen Ende September 1582 wurde die Sektion dort als Vorbereitung zu einer Einbalsamierung ausgeführt.
 
Dass die dem Körper entnommenen Eingeweide dabei auch studiert wurden, ergibt sich aus der damals erwähnten Feststellung eines Gallensteins. Weitere Obduktionsbefunde finden sich vom Jahre 1585 ab aus Genf, Lausanne, Köln und Hilden. Einige davon werden im klinischen Teil im Zusammenhang mit den entsprechenden Erkrankungen erwähnt werden.

Mit normal-anatomischen Studien befasste sich Fabry im Winter 1595/96. Er untersuchte damals mehrfach die Ausbreitung des 5. Hirnnervenpaares beim Menschen, meinte damit allerdings nach der alten galenischen Zählung den N. facialis und den N. stato-acusticus. Seine damaligen Befunde sind indessen noch nicht recht überzeugend. Eigentliche anatomische Demonstrationen vor Studenten hielt Fabry erst 1596 in Lausanne ab. Er präparierte damals den Kopf eines Hingerichteten und zeigte daran die Verteilung der Blutgefäße. Am 26. März 1601 konnte er am gleichen Ort die Anatomie des ganzen menschlichen Körpers öffentlich vorweisen. Als Besonderheit fand er dabei eine linksseitige Nierenvenen-Verdopplung. Das Skelett präparierte er und setzte es dann zusammen. Er schenkt es im Jahre 1625 der Berner Stadtbibliothek.

Aus dem Interesse an der ärztlichen Praxis ergibt sich, dass viele der anatomischen Präparate Fabrys der Pathologie angehören. Das gilt speziell von der Knochenpathologie; die betreffenden Stücke stammen jedoch meistens von Gräberfunden und nicht von Obduktionen. Angeführt werden zum Beispiel in den Observationes Synostosen der im Ellbogengelenk zusammenstoßenden Knochen, knöcherne Verbindungen an Bruchstellen benachbarter Rippen, schlecht geheilte Brüche langer Röhrenknochen und mancherlei Exostosen.